Капитан авиации Колтер Стивенс (Джейк Гилленхол) просыпается в теле незнакомого мужчины и обнаруживает, что он принимает участие в задании по поимке террориста, заминировавшего пригородный поезд Чикаго. В ходе задания он понимает, что является частью правительственного эксперимента под названием «Исходный код» — программы, которая позволяет ему переноситься в личность другого человека в последние восемь минут его жизни. Чикаго угрожает второй, более мощный взрыв, который может убить миллионы людей, Колтер снова и снова переживает катастрофу, собирая с каждым разом всё новые улики, чтобы предотвратить следующий взрыв.