Монументальная историческая драма «Хованщина» (1872-1881) посвящена эпохе стрелецких бунтов и религиозного раскола накануне петровских реформ. В основе оперы — насыщенные драматическими перипетиями события общественной и государственной жизни конца XVII века: борьба за власть и тайные расправы, религиозный фанатизм и деспотический царский суд, лицемерные речи, политические интриги и кровавые жертвы.
Погрузившись в изучение исторических документов, Мусоргский не столько сочинял сюжет, но скорее «оживлял» историю, складывая её из подлинных событий и портретов людей той эпохи (здесь выведены и реальные исторические лица — предводитель стрельцов князь Иван Хованский, фаворит царевны Софьи боярин Василий Голицын и её доверенный дьяк Фёдор Шакловитый — и собирательные образы, такие, как глава старообрядцев старец Досифей), создавая жанровые зарисовки и лирические образы, «раскрашивая» действие поэтическими картинами природы («Рассвет на Москве-реке»).
Работа над «Хованщиной» прервалась на заключительной сцене оперы. После смерти композитора оперу завершил и инструментовал Н. Римский-Корсаков (1883), но оперный комитет Императорских театров не принял её к постановке. «Хованщина» была поставлена в Русской частной опере С. Мамонтова (1897), и этой же труппой впервые исполнена в Петербурге. В партии Досифея выступил Фёдор Шаляпин, и он всеми силами способствовал её появлению на императорской сцене. В 1911 году музыкальная драма Мусоргского впервые исполнялась в Мариинском театре, на следующий год — в московском Большом.
В Большом театре опера выдержала шесть постановок (1912, 1928, 1939, 1950, 1995, 2002). Над спектаклями работали выдающиеся мастера: дирижёры Даниил Похитонов, Вячеслав Сук, Лев Штейнберг, Николай Голованов, Мстислав Ростропович, Александр Ведерников, режиссеры Фёдор Шаляпин, Иосиф Лапицкий, Виктор Раппопорт, Леонид Баратов, Борис Покровский, Юрий Александров, художники Константин Коровин, Михаил Курилко, Константин Юон, Фёдор Федоровский, Теймураз Мурванидзе, Вячеслав Окунев. В ведущих партиях были заняты замечательные певцы: Фёдор Шаляпин, Григорий Пирогов, Марк Рейзен, Александр Ведерников, Евгений Нестеренко, Владимир Маторин, Михаил Казаков (Досифей), Алексей Кривченя, Леонид Ктиторов, Артур Эйзен, Валерий Гильманов, Владимир Огновенко (Иван Хованский), Андрей Лабинский, Александр Богданович, Владимир Ивановский, Владислав Пьявко, Виталий Таращенко (Андрей Хованский), Антон Боначич, Георгий Нэлепп, Никандр Ханаев, Алексей Масленников, Зураб Соткилава, Михаил Губский (Голицын), Феофан Павловский, Леонид Савранский, Владимир Политковский, Виктор Нечипайло, Владимир Валайтис, Владислав Верестников, Юрий Нечаев (Шакловитый), Евгения Збруева, Надежда Обухова, Вера Давыдова, Мария Максакова, Ирина Архипова, Елена Образцова, Валентина Левко, Тамара Синявская, Нина Терентьева, Татьяна Ерастова, Ирина Долженко, Лариса Дядькова, Елена Манистина (Марфа), Евгения Гремина, Елена Шумилова, Евгения Смоленская, Тамара Сорокина, Маргарита Миглау, Ирина Рубцова, Елена Евсеева (Эмма).
В советское время образцовым был признан спектакль Большого театра в постановке Леонида Баратова и сценическом оформлении Фёдора Федоровского (1950), основанный на музыкальной редакции Н. Римского-Корсакова. В 1952 году он был перенесён на сцену Мариинского (тогда Кировского театра). С 1960 года этот спектакль исполняется на петербургской сцене в редакции Дмитрия Шостаковича. Во время возобновления спектакля в 1988-м финал, как он был задумал Шостаковичем, вернули к первоначальной редакции Римского-Корсакова, с тех пор опера завершается сценой самосожжения в скиту раскольников: «Для меня звучание оркестра в финальной сцене гораздо важнее, чем бутафорские страсти на сцене. Так ли уж важно, горит или не горит раскольничий скит. Мне кажется, здесь должен гореть оркестр» (дирижёр-постановщик Валерий Гергиев).
Легендарная постановка Л. Баратова обрела новую жизнь на сцене Мариинского театра в 2000 году (сценическая версия Юрия Александрова). В 2024 году этот спектакль вошел в репертуар Большого театра.
