Прежде музей располагался в красивом храме на берегу Коломенки, который хорошо виден при въезде в город справа, напротив Маринкиной башни. Недавно его перенесли в другое место, ближе к Кремлю, как и все, что находилось в бывших объектах недвижимости РПЦ. Сейчас все местные артефакты перенесены в двухэтажный дом бывшей усадьбы купцов Колчинских — по пути на Соборную площадь. Интересны материалы раскопок, которые позволяют говорить о датировке некоторых храмов XII веком.