Музей, открытый в 1985 году, занимает дом купца Кузнецова (1893) на Волжской набережной. Средневековому Ярославлю здесь посвящены всего два зала (благо эта тема хорошо раскрыта в других музеях), однако в них есть и очень интересные вещи: например объемный макет города начала XIII века или карта города XVII века в графике современных карт. В других залах хорошо показаны культура, быт, политическая история Ярославля XIX–XX веков.