Первая театральная труппа была собрана в 1933 году. С июля 1942 года по август 1945 года Новосибирский кукольный был филиалом Московского театра кукол под руководством С.Образцова. За последнее десятилетие театр выработал свой уникальный стиль, экспериментируя с куклами различных систем, применяя маски и пластику тела актеров.
