История минералогического музея, как и история других отечественных естественно-научных музеев, связана с петровской Кунсткамерой. Из кунсткамерных достопримечательностей — серебряный самородок в форме рога, подаренный Петру I во время Великого посольства в Европу в 1697–1698 годах — предположительно, королем Дании, и обелиск из поделочных уральских камней, выполненный по заказу Петра. Описанием коллекции минералов одно время занимался М.В.Ломоносов — снабжал образцы сохранившимися до сих пор собственноручно написанными этикетками. В числе экспонатов естественного происхождения: уникальная друза александрита, кристалл изумруда весом более 2 килограмм и голубые топазы Урала. Достопримечательность рукодельная: шкафчик с мозаичными панно, собственность царской семьи, получивший Большую золотую медаль на Всемирной выставке в Чикаго в 1893 году. А еще — множество примеров игры природы в ювелирном оформлении.