23 февраля 2004 года в канун 70-летия музея открылась третья по счету экспозиция, в которой представлены новые материалы, скрытые ранее под грифом секретности. Экспозиция рассказывает о неизвестных страницах Гражданской войны 1918–1920 годов, противостоянии на Восточном фронте армий М.В.Фрунзе и А.В.Колчака, о «красных», «белых» и «зеленых», об антисоветском восстании в тылу Восточного фронта — «чапанной войне», о дезертирстве в Красной и Белой армиях и многих других страницах нашей истории.