Идея создания музея в городе Уфе возникла по инициативе нескольких членов Оренбургского Статистического комитета при содействии губернатора Григория Сергеевича Аксакова. В числе организаторов — Г.С. Аксаков, Н.А. Гурвич, А.Б. Иваницкий, К.А. Бух. Основанный 23 апреля 1864 года, музей долгие годы боролся за собственное здание. В 1989 году он переехал в здание по улице Советской, 14. Первыми экспонатами музея стали ботанические, зоологические, геологические и палеонтологические коллекции. В одной из витрин представлены гербарии В. С. Лосиевского, датируемые 1866 годом Привлекает внимание макет рельефа города Уфы, изготовленный и выставленный в музее в 1869 году. Республика Башкортостан, занимающая площадь 143, 6 тысяч кв. км, расположена на рубеже двух частей света: Европы и Азии. Разделяют их Уральские горы. Такое положение республики определяет разнообразие природных условий, а также удивительное многообразие растительного и животного мира. В одной из витрин этого зала экспонируется фенологический календарь, составленный братьями Юрьевыми, которые на протяжении 50 лет (начиная с 1886 года) вели наблюдения на пасеке метеостанции «Юрьева пристань» в Нуримановском районе.