Бедный-бедный Джейсон Борн. И вроде с врагами разобрался и Акиньшиной покаялся во второй части, но нет - не спит всемирное зло, и вот уже на смену проекту "Тредстоун" пришёл новый проект "БлэкБрайер". Отечество в опасности, и только Борн может ему помочь, а заодно и поставить жирную точку в борьбе со своей амнезией. Правда теперь он не совсем один - у него есть могущественный покровитель из ЦРУ Памела Линди (Joan Allen), да и кочующая из серии в серию пухлощёкая Ники Парсонс (Julia Styles) теперь к нему тоже неравнодушна.
Проследовав по маршруту Москва-Лондон-Мадрид-Танжер-Нью-Йорк Борн не спасёт корреспондента (Paddy Considine) давшему ему шанс к разгадке, зато зрелищно наваляет спецу Дешу, выкрадет из сейфа замначальника ЦРУ секретные файлы, встретится со своим создателем д-ром Хиршем (Albert Finney), а также наставит на путь истинный одного из агентов, охотящихся за ним. Всё? Вроде всё - нашли в воде и оставили в воде. Так ведь всё происходит в природе, мать её....